但是，這并不等于說我們的自主創(chuàng)新已經很好了，相反，我們自主創(chuàng)新的能力不強、整體水平不高，并且存在著明顯的弱點，自主創(chuàng)新的環(huán)境也需要花大力氣改善，尤其是在較高端的制造業(yè)領域：
一是最核心的技術仍然受制于人。這是我們自主創(chuàng)新的最大弱點。以重型汽車行業(yè)為例，一汽、東風、中國重汽、陜汽、華菱汽車等主流企業(yè)在自主創(chuàng)新上取得了一定的成績，建立了比較完備的重型汽車零部件體系，但是核心零部件如發(fā)動機、變速箱、車橋幾大總成的研發(fā)水平與國外先進企業(yè)相比仍然存在較大差距。近年來，國外重型汽車巨頭紛紛以多種方式與國內部分重型汽車企業(yè)開展合資經營，搶占中國市場。短期看減輕了國內企業(yè)研發(fā)壓力，圖一時輕松，但從長遠來看勢必影響到我國重型汽車核心技術自主創(chuàng)新能力的發(fā)展，影響到國防安全。因為最核心的技術掌握在外方手里，一旦發(fā)生戰(zhàn)爭或其他緊急情況，外方中止合作或切斷關鍵部件的供應，將會帶來災難性后果。
二是扶持政策不盡合理。政府對自主創(chuàng)新有很多支持政策，但是很多支持政策都被央企和有政府背景的大型國企拿去了，其他企業(yè)或者拿不到，或者只能拿到很小的一部分，這種不合理的扶持政策破壞了公平競爭的市場秩序，也不利于整個行業(yè)的健康發(fā)展；另一方面，在支持政策中，資金支持是重頭戲，也是各大企業(yè)爭奪的焦點，很多企業(yè)甚至不惜“造”項目或只把原來的項目改頭換面，來騙取國家的資金支持。從表面上看，國家的錢通過所謂的支持自主創(chuàng)新項目花出去了，其實并沒有取得應有的效果，很多企業(yè)效益并不好，甚至年年虧損，早該被市場淘汰，就是因為有國家和地方政府的大量輸血才得以維持生命。這種扶持政策其實是等于保護了落后。支持自主創(chuàng)新，要重視效果，需要創(chuàng)新思維。
三是對知識產權保護的力度不夠。創(chuàng)新需要好的創(chuàng)新環(huán)境和激勵機制，其中一個重要方面就是對知識產權的保護。但是現在政府對知識產權保護的力度還遠遠不夠，各種對知識產權侵害的行為沒有得到有效遏制。我國知識產權侵權問題主要集中在制售假冒偽劣產品上，其嚴重性在于在很多地方已經形成了一定的產業(yè)規(guī)模，形成了制、售一條龍。許多生產銷售基地是當地的支柱性產業(yè)，利稅大戶，于是部分地方有關部門就為制假售假者撐起了保護傘，給予稅收等多方面的支持。假冒偽劣產品嚴重侵犯企業(yè)的知識產權，擾亂正常的市場競爭秩序，不利于形成良好的自主創(chuàng)新環(huán)境，成為我國經濟健康發(fā)展的毒瘤，嚴厲打擊假冒偽劣克不容緩。
建議：
1、支持企業(yè)突破核心技術。無論是“強化創(chuàng)新引領作用”，還是把創(chuàng)新“擺在國家發(fā)展全局的核心位置，深入實施創(chuàng)新驅動發(fā)展戰(zhàn)略”，都必須建立在掌握核心科技上。但是企業(yè)的實力有限、積累不足，要突破核心技術，必須要有國家的強大支持，包括：國家要重點投入，堅持以企業(yè)為主體、市場為導向、產學研相結合，聯合攻關，重點突破，進一步打破國外在這一領域的壟斷地位；加大對相關企業(yè)的扶持和核心技術人才培養(yǎng)的支持力度；積極推動企業(yè)自主創(chuàng)新能力建設，加大產學研合作資金投入，匯集國內高端技術人才為企業(yè)服務，幫助企業(yè)解決技術難題。
2、改變扶持策略。一方面，政府只需要對關系到國計民生的、基礎性的研究進行資金支持，而企業(yè)自身能做好的則由企業(yè)自己進行創(chuàng)新，國家給予一定的政策支持就可以了。另一方面，還要實行徹底的普惠制，無論國有、民營或外資都能享有平等的支持政策。
3、進一步加強對知識產權的保護。加強法制觀念，借助法律的巨大威懾力量，大幅度增加制假售假的法律風險和違法成本；同時建立舉報獎勵機制，吸引社會力量聯合打假，讓更多的社會力量和個人參與到舉報和抵制假冒偽劣中來。
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